Vì sao người Mãn lại cai trị được người Hán và thành công ở việc này trong suốt 300 năm? Theo những nghiên cứu của tác giả Nguyễn Hiến Lê, phải thừa nhận rằng người Mãn Châu đã rất thành công. Trong lịch sử thế giới, không có trường hợp nào tương tự, khi một dân tộc có thể chiếm lĩnh và cai trị một dân tộc khác rộng lớn hơn và dân số đông gấp ít nhất 50 lần dân số của mình, lại còn có nền văn hóa và văn minh vượt trội, giúp dân tộc đó phát triển thêm về lãnh thổ văn hóa. Thậm chí, ngay cả những thực dân giỏi nhất của phương Tây hay người Anh cũng không thể so sánh được.

Một số ý kiến cho rằng người Mãn Châu cũng như người Mông Cổ, cũng như những dân tộc khác ở Trung Á thuộc các dân tộc kém văn minh hơn ở Trung Á và Đông Á, nhưng hiếu chiến và giỏi chiến đấu. Khi người Hán suy yếu, người Mãn Châu đã chiếm giữ được vị trí của mình. Một số khác lại cho rằng Trung Hoa vẫn do người Hán cai trị đến 90%, bởi vì chế độ nhà Thanh không hoàn toàn là của người Mãn mà là một chế độ tổng hợp giữa người Mãn và người Hán. Người Mãn sở dĩ nắm được quyền lực là vì họ đã bị Hán hóa và trở thành người Hán. Đây đều là những ý kiến có phần đúng.
Sau đây là những yếu tố giúp cho người Mãn Châu có thể cai trị được người Hán:
Đầu tiên, nhà Thanh hơn nhà Nguyên và giống nhà Minh ở chỗ biết nghe theo lời của Khổng Tử. Họ đã ban hành một sắc lệnh gồm 16 câu và bảy chữ, dạy nhân dân phải hiếu lễ, cần kiệm, tuân lệnh triều đình và nộp thuế đúng kỳ. Sắc lệnh đó được giảng dạy mỗi tháng hai lần bởi một vị quan hoặc một kẻ sĩ trong làng để nhắc nhở nhân dân. Một học giả châu Âu đã khen ngợi rằng người Trung Hoa tổ chức xã hội giỏi hơn người La Mã. Nhà vua nhà Thanh ít nhất cũng khôn ngoan hơn so với giáo hoàng La Mã, không động đến Đạo Khổng mà còn coi trọng và thực tâm kính trọng nó, nhờ vậy họ được lòng nhân dân Trung Hoa. Họ thành công hơn người Mông Cổ ở nhà Nguyên là vì chỉ trong một thế kỷ, họ đã đồng hóa với người Trung Hoa.
Có một ví dụ điển hình là việc buộc người Trung Hoa cạo đầu để lại tóc đuôi sam, ban đầu bị coi là nhục nhã nhưng sau đó lại được xem là quốc hồn quốc túy. Đến nỗi sau Cách mạng Tân Hợi năm 1911, khi nhà Thanh bị lật đổ, một số thanh niên Tân Thiến Trung Hoa hô hào cắt bỏ đuôi sam nhưng dân quê vẫn không chịu.
Bản chất của loài người giống như đất sét, nếu một chính quyền kiên nhẫn và cương quyết đứng vững trong vài trăm năm thì có thể nặn dân thành bất cứ thứ gì, từ loài chồn, cáo đến kiến hay ong. Đây là một bài học lịch sử, và là nhận xét rất thâm thúy của học giả Nguyễn Hiến Lê.
Đến cuối đời Càn Long, nhờ đất đai được mở rộng, kinh tế phát triển, số lượng ruộng cày đã tăng lên nhiều. Nhiều đồn điền được lập thêm ở miền biên cương phía Tây, phía Tây Nam, ở Tân Cương, Đài Loan và thậm chí ở cả Mãn Châu. Mặc dù đã có lệnh cấm người Hán qua đó lập nghiệp, nhưng họ vẫn lén lút di cư qua, từng đoàn như dân bán du mục, tìm kiếm nơi thưa dân nhiều đất hoang để định cư. Tại những vùng đã khai phá từ lâu, họ đắp đập, đào kênh như ở gần Bắc Kinh, miền Hạ Du Hoàng Hà và Giang Tô, nhờ vậy mà số thu hoạch tăng lên. Miền Hồ Bắc và Hồ Nam trở thành vựa lúa của Trung Quốc, và có câu tục ngữ “khi Hồ Quảng (tức Hồ Bắc và Hồ Nam) mà lúa chín thì dân trong nước khỏi đói”. Miền Tứ Xuyên và Giang Nam, An Huy và Giang Tô cũng phong phú, có dư lúa bán cho nhiều miền khác. Ở Phúc Kiến và Quảng Đông, nghề trồng mía, trà, dâu, nuôi tằm cũng tiến bộ. Người ta còn trồng thêm khoai lang, bắp, cà chua, thuốc lá từ nước ngoài mang giống vào. Nhờ vậy, người Mãn đã giúp cuộc sống của người Hán sung túc hơn, và đó là một bí quyết để cai trị thành công.

Bí quyết thứ hai là việc sử dụng cả người Hán và người Mãn. Cũng giống như nhà Nguyên, Mãn Thanh ban đầu không mong gì được người Hán ủng hộ, nên trông cậy chủ yếu vào bộ tộc của mình và một phần vào các bộ tộc anh em như người Mông Cổ. Nhưng nhà Thanh khôn ngoan hơn nhà Nguyên ở chỗ biết khéo léo sử dụng người Hán. Họ dùng cả người Mãn, Hán, và Mông Cổ, phân công các chức vụ lớn trong triều đình cho cả hai người, một người Mãn và một người Hán. Lục Bộ (sáu bộ) đều có một thượng thư người Mãn và một thượng thư người Hán, hai thị lang người Mãn và hai thị lang người Hán. Do đó, ban đầu phải dùng nhiều phiên dịch trong nội các và Lục Bộ, nhưng tới khoảng năm 1670, nhiều cơ quan đã không cần phiên dịch nữa. Đến khoảng năm 1838, không còn tiến sĩ Trung Hoa nào cần phải học thêm tiếng Mãn nữa.
Vua Khang Hi cho soạn bộ từ điển mang tên ông – Khang Hi Tự Điển để giúp người Mãn, nhưng khi soạn xong thì ít khi dùng tới. Nhà Thanh cũng theo nhà Minh áp dụng chính sách trung ương tập quyền, không hề đặt chức tể tướng, mà mọi quyền lực đều do vua nắm hết. Các đại học sĩ nội các và các đại thần ở Lục Bộ chỉ là những người thừa hành mà thôi. Chính quyền địa phương gồm có 18 tỉnh, theo nhà Minh không có gì thay đổi. Khoa cử cũng theo nhà Minh. Về binh chế, quân đội được phân biệt thành hai hạng: kỳ binh và doanh binh. Kỳ binh, gồm cả người Mãn, người Hán và người Mông Cổ, có nhiệm vụ giữ kinh sư và xuất sinh, được luyện tập kỹ càng hơn hết. Doanh binh thường được dùng để trấn áp nội loạn. Các viên đô thống tướng, dù là kỳ binh hay doanh binh, ban đầu đều là người Mãn nhưng gần cuối triều đại thì đã dùng người Hán.
Về mặt tư pháp, pháp luật nhà Thanh đại để cũng theo nhà Minh, nhưng có sự bất bình đẳng: người Mãn được nhiều đặc quyền mà người Hán không có. Những đặc quyền ấy bao gồm cả thuế. Về thuế, cũng như đời nhà Minh, nhà Thanh phân biệt hai loại thuế là thuế điền và thuế đinh. Sau đó, thuế đinh được san ra ruộng đất mà thu chung.
Bí quyết tiếp theo để người Mãn Châu thành công là việc lấy lòng người Hán. Vị vua đầu tiên của nhà Thanh là Thuận Trị (Thanh Thế Tổ), khi vào Bắc Kinh mới 7 tuổi. Mẹ ông bế ông đặt lên ngai vàng. Khi 15 tuổi, ông có vợ nhưng chỉ mê một quý phi. Tám năm sau, khi bà này qua đời, ông u uất và ít tháng sau cũng qua đời theo. Sử gia cho rằng ông bị thần kinh suy nhược. Việc nước do một thân vương, tức là chú của Thuận Trị, làm phụ chính và quyết định hết mọi việc trong triều đình, nhờ vậy mà có kỳ cương.
Việc đầu tiên nhà Thanh làm khi vào Bắc Kinh là cấm quân lính xâm nhập vào nhà dân, rồi cải táng vua Sùng Trinh của nhà Minh. Các quan nhà Minh khác đã chết cũng đều được thờ chung trong một ngôi đền. Đây là một biện pháp sáng suốt để người Hán thấy rằng nhà Thanh không muốn chiếm nước của nhà Minh, mà chỉ có ý dẹp loạn, cứu dân chúng đỡ khổ.
Dĩ nhiên, nhiều người biết đó là giả dối, nhưng hành động đó có vẻ là văn minh, hợp với đạo Nho. Người Mãn rõ ràng là tâm lý hơn rất nhiều so với người Mông Cổ lập ra nhà Nguyên.
Nhà Thanh còn dùng cựu thần nhà Minh, dùng cả chữ Hán và Mãn, coi trọng văn hóa Hán. Tuy nhiên, họ cũng tìm cách tiêu diệt hậu duệ nhà Minh.
Họ tha tội cho một số người, bỏ một số thuế nặng, giúp đỡ người nghèo khổ — chính sách ân huệ để vỗ về. Còn chính sách uy quyền thì rất tàn nhẫn. Như người Mông Cổ, họ cấm người Mãn – Hán kết hôn, bắt người Hán dùng y phục Mãn, cạo tóc, để đuôi sam. Ai không tuân thì chặt đầu.
Phong trào phản kháng mạnh nhất ở Đông Nam. Có thị trấn chống được 80 ngày, sau bị chiếm, tướng Mãn cho lính tàn sát ba ngày để làm gương: 97.000 người trong thị trấn và 75.000 ở vùng lân cận bị giết.
Họ cũng cấm lập hội, xã, đoàn thể. Ai có giọng phản Thanh, nhất là trong sách vở, đều bị tử hình.
Trong ba, bốn chục năm đầu, nhiều địa chủ, sĩ phu không hợp tác, người thì ẩn cư, người thì ra nước ngoài như Trần Thượng Xuyên, Dương Ngạn Địch (năm 1679) qua nước ta, được chúa Nguyễn Phúc Tần cho vào Đồng Nai lập nghiệp, lập nên nơi buôn bán thịnh vượng ở Cù Lao Phố (Biên Hòa).
Cuối thế kỷ XVII, Mạc Cửu lập nghiệp ở Hà Tiên, xây dựng một hải cảng phồn thịnh, một tiểu quốc văn hiến dưới sự bảo hộ của chúa Nguyễn. Những nơi họ ở gọi là Minh Hương – làng của người Minh. Ngày nay, “Minh Hương” nghĩa rộng, chỉ tất cả người Trung Hoa qua Việt Nam lập nghiệp thời đó.
Về sau, tinh thần phản Thanh phục Minh giảm. Người Hán thấy người Mãn coi trọng văn hóa Hán, đồng hóa với người Hán, và đến thế kỷ XIX thì gần như không còn kỳ thị giữa Hán và Mãn.
Cuối cùng, để thống nhất Trung Hoa và tập trung quyền lực vào tay người Mãn, nhà Thanh phải dẹp các phong trào phản Thanh phục Minh và triệt hạ ba phiên vương.
Đầu đời Thuận Trị, nhà Thanh đã dùng 3 tên Hán gian để dẹp loạn trong nước, phong cho chúng chức phiên vương. Có thế lực nhất là Ngô Tam Quế được phong làm Bình Tây Vương – Tứ Xuyên, cùng hai người khác là Bình Nam Vương và Tĩnh Nam Vương có nhiệm vụ bình định miền nam

Ngô Tam Quế vẫn ôm mối hận vì nhà Thanh phỗng tay trên ngôi báu Trung Hoa. Bất đắc dĩ, ông phải tuân lệnh đi dẹp Lý Tự Thành ở Sơn Tây, rồi lại bình định Tứ Xuyên. Ngô Tam Quế lập được nhiều công cho nhà Thanh, mà công cuối cùng là bắt giết Quế Vương.
Tuy vậy, Ngô Tam Quế vẫn thầm nuôi ý định chiếm cứ một phương, thành lập một quốc gia độc lập và không chịu thần phục triều đình nhà Thanh. Năm 1677, Ngô Tam Quế phất cờ khởi nghĩa với khẩu hiệu “Hưng Minh thảo lỗ”, nghĩa là dẹp giặc để phục hưng nhà Minh.
Nhưng tội lỗi của Ngô Tam Quế với nhà Minh quá nhiều và quá nặng, nên dân chúng không ai theo. Con của Ngô Tam Quế là một tên trành trành — ở đây có thể hiểu là người bị cọp vồ thành quỷ, rồi bị cọp sai quay về để bắt đồng bào.
Hai phiên vương còn lại lần lượt hàng nhà Thanh, quay lại tấn công Ngô Tam Quế. Ngô Tam Quế cô độc, bỏ khẩu hiệu “Phục Minh” mà xưng đế. Chẳng bao lâu sau thì ông bị bệnh và qua đời.
Ngô Tam Quế chết rồi, vua Khang Hi tìm cách giết luôn vị vương còn lại. Và cũng từ sau khi dẹp được loạn Ba phiên vương, giang sơn Trung Quốc đã quy về một mối dưới triều đình nhà Thanh.